2020-06-19, 04:50 PM
Bonjour,
J’ai lu le papier “The art of using t-SNE for single-cell transcriptomics” (Nature Com, Kobak et al en 2019).
Au vue du titre je m’attendais à des “guidelines” pour faire un t-SNE mais il présente une méthodologie (que je trouve assez complexe pour obtenir le résultat final…)
Je voulais discuter du paramètre perplexité. Dans leur papier il est conseillé d’utiliser une perplexité = au nombre de cellules à analyser /100 ( quand on est inférieur à 100000 cellules à analyser) pour préserver la géométrie global de l’échantillon. Ne risque-on pas avec cette méthode de passer à côté de populations faiblement représentées dans l’échantillon ?
Que pensez-vous de la méthodologie pour analyser des échantillons > 100000 cellules?
Merci d’avance pour votre retour
Fatima pour Anne-Laure
J’ai lu le papier “The art of using t-SNE for single-cell transcriptomics” (Nature Com, Kobak et al en 2019).
Au vue du titre je m’attendais à des “guidelines” pour faire un t-SNE mais il présente une méthodologie (que je trouve assez complexe pour obtenir le résultat final…)
Je voulais discuter du paramètre perplexité. Dans leur papier il est conseillé d’utiliser une perplexité = au nombre de cellules à analyser /100 ( quand on est inférieur à 100000 cellules à analyser) pour préserver la géométrie global de l’échantillon. Ne risque-on pas avec cette méthode de passer à côté de populations faiblement représentées dans l’échantillon ?
Que pensez-vous de la méthodologie pour analyser des échantillons > 100000 cellules?
Merci d’avance pour votre retour
Fatima pour Anne-Laure