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Version complète : IFCshiny: R Interactive Shiny Application for Imaging and Conventional Flow Cytometry
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Bonjour à tous,

Nous venons de mettre en ligne une application R open source pour le traitements des données de cytométrie appelée IFCshiny.

Cette application offre une interface utilisateur au package IFC précédemment publié sur CRAN. Initialement conçu pour les données de cytométrie en image, le package IFC a récemment gagné des nouvelles fonctionnalités permettant également de traiter les fichiers de cytométrie conventionnelle (type fcs)

L'application permet aux outils de gagner en interactivité et les rend, par conséquent, bien plus facilement accessibles. Ainsi, les utilisateurs, qui craindraient les lignes de commandes, seront ravis de savoir qu'ils pourront:
- importer leurs fichiers,
- créer des graphs 1D, 2D et même 3D,
- y dessiner/éditer des gates,
- manipuler des populations,
- créer des rapports graphiques et statistiques,
- exporter leurs analyses.
Tout cela, très facilement, juste par clique de souris.

Par ailleurs, l'application offre la possibilité mettre en œuvre divers algorithmes pour traiter les données. Vous pourrez y retrouver:
- de la réduction de dimensionnalité,
- de l'analyse non supervisée,
- ou supervisée.
PCA, tSNE, UMAP, kmeans, LDA, SVM, GB, EM, FlowSOM sont de la partie.

L'application est toute jeune et encore en pleine maturation.
Vos retours et apports seront précieux dans son développement.

Elle a néanmoins bénéficié de la plus grande attention avant sa mise à disposition pour en faire un outils utile et fonctionnel pour la communauté des cytométristes.

Pour l'utiliser, c'est par ici