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  IFC R package

Posté par : ydemont
2021-06-09, 10:21 AM
Forum : Analyse de données
- Pas de réponse

Chers tous,

Je suis heureux de pouvoir informer la communauté des cytométristes de l'existence d'un package R pour les données de cytométrie en image.
Ce package R est publié sur CRAN

Si vous souhaitez participer à son développement vous pouvez le retrouver sur github

Amicalement,
L'auteur de ce package.

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  2021-Roca et al-Nat Comm

Posté par : SGranjeaud
2021-06-03, 05:07 PM
Forum : Analyse de données
- Réponses (1)

AutoSpill is a principled framework that simplifies the analysis of multichromatic flow cytometry data
Carlos P. Roca, Oliver T. Burton, Václav Gergelits, Teresa Prezzemolo, Carly E. Whyte, Richard Halpert, Łukasz Kreft, James Collier, Alexander Botzki, Josef Spidlen, Stéphanie Humblet-Baron & Adrian Liston
Nature Communications volume 12, Article number: 2890 (2021)
https://www.nature.com/articles/s41467-021-23126-8

Compensation automatisée - Disponible dans FlowJo avec AutoSpread

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  Intelligence collective - Test d'outils

Posté par : SGranjeaud
2021-06-03, 04:49 PM
Forum : Analyse de données
- Pas de réponse

Bonjour,
Aïda a repéré un papier intéressant sur la compensation et m'a demandé mon avis. Mais je ne suis pas compétent sur cette question. Par contre je me dis que plusieurs d'entre vous le sont. Si cela vous tente de l'essayer parce que vous avez/aurez besoin, eh bien, ce serait bien que vous puissiez faire un petit retour à la communauté. Même rien qu'un petit "J'ai testé, c'est bien/moyen/pas convaincant/à fouiller.", histoire de pouvoir éventuellement vous contacter, à un moment ou un autre.
Bien sûr, on a des journées très remplies (contrairement à Zoe Shepard). Donc l'idée est de tester sur ses propres données parce qu'on les connait bien, et d'en tirer une conclusion (ou pas), en quelques mots et sans avoir à publier ses données. En tout cas de remonter une information, si minime soit-elle, vers la communauté.
Je me lance et je crée un post avec l'article identifié par Aïda (merci à toi). A vous d'alimenter le post avec votre opinion sur l'approche ou votre test. Eviter les "mercis" (j'ai dit merci, moi ?), qui font super plaisir, mais n'apportent pas d'information. Envoyez un mail directement plutôt.
Si l'approche vous intéresse et que vous avez une idée d'amélioration, laissez un message ci-dessous.
Si un outil vous intéresse, ouvrez un post.
Je vous propose de faire un bilan dans 1 an.
Bien à vous,
Samuel

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  R et la cytométrie

Posté par : SGranjeaud
2021-03-16, 06:31 PM
Forum : Analyse de données
- Pas de réponse

Bonjour,

Je viens d'écrire quelques pages sur le thème "R et la cytométrie". J'ai rassemblé les ressources que j'ai trouvées intéressantes lors de mes escapades sur internet. De quoi débuter, se perfectionner et plus si affinités.

Si vous avez besoin d'aide, ne comptez pas sur moi... mais sur le forum !

Si vous avez des bons tuyaux, mettez les en commentaires pour que tout le monde en profite.

Portez-vous bien.

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  Remplacement FacsRinse

Posté par : Peter G
2021-02-23, 11:27 AM
Forum : Cytométrie classique - Troubleshooting - Formation
- Pas de réponse

Bonjour,

BD arrête la production du FacsRinse et propose un autre réactif à la place au format concentré à diluer dans l'eau distillée.
Cette question est relayée sur le forum de l'université Purdue (http://www.cyto.purdue.edu/hmarchiv/index.htm)
Je mets en pièce jointe un résumé de quelques réponses des responsables de plateformes et d'utilisateurs.
Bonne lecture
Pierre

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  Webinar - Analyse non supervisée : principes et logiciels

Posté par : SGranjeaud
2020-12-01, 10:55 PM
Forum : Analyse de données
- Pas de réponse

Webinar - Analyse non supervisée : principes et logiciels
Aïda Meghraoui-Kheddar (Valbonne) et Samuel Granjeaud (Marseille)

L'article revue cité dans la présentation est
A Cancer Biologist's Primer on Machine Learning Applications in High‐Dimensional Cytometry

Les illustrations de heatmaps sont extraites de l'article d'Aïda
Two new immature and dysfunctional neutrophil cell subsets define a predictive signature of sepsis useable in clinical practice

Merci à vous.

Pour rappel, l'analyse cytofkit présentée à l'atelier de l'AFC en Février 2019 est disponible sur i-cyto.

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  UMAP - métrique

Posté par : Anne-Laure
2020-11-12, 11:23 AM
Forum : Analyse de données
- Réponses (2)

Bonjour,

J'ai une question concernant les métriques de distance.
Par exemple, si je veux utiliser UMAP sur mon jeu de données avec FlowJo, le plugin me propose 4 métriques : euclidean, manathan, cosine, hamming. Si j'ai bien compris, ces métriques correspondent à la façon dont vont être calculées les distances entre 2 points. Dans les publications je vois que c'est souvent la métrique euclidean qui est utilisée.
Mes questions sont les suivantes : Comment choisir la métrique que je dois utiliser sur mon jeu de données ? Y-a-t-il une métrique plus adaptée pour les jeux de données de cytométrie ?

Merci d'avance pour vos retours et votre aide

Anne-Laure

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  Qeulle stratégie pour normaliser des effets batch ?

Posté par : Nicolas Dauguet
2020-10-23, 04:00 PM
Forum : Analyse de données
- Pas de réponse

Bonjour à tous,

je suis hyper-ravi que ce groupe 3C existe car avec l'évolution rapide des projets au sein de ma plateforme, je me dois de prendre de l'avance dans les nouvelles méthodes d'analyse !

J'ai une question assez concrète sur quelle serait la (les) stratégies à adopter pour enregistrer de la manière la plus rigoureuse possible les données de cytométrie en vue de pouvoir effectuer une normalisation valable des intensités de fluorescence, d'une expérience à l'autre, lors d'une analyse multi-dimensionnelle ?

Le projet concerne l'analyse de populations immunitaires et non-immunitaires (fibroblastes/cellules endothéliales) à partir de biopsies synoviales de patients atteints de polyarthrite-rhumatoïde. Il y aura un suivi longitudinal des patients pendant environ 2 ans. J'ai un panel 15 couleurs pour identifier les populations d'intérêts et les cloner (FACS ARIA III) en plaques 384 puits pour du single-cell RNAseq. C'est un projet conséquent qui va demander une grande rigueur à toutes les étapes afin que l'analyse bio-info puisse donner des résultats interprétables !

Je vois le plugin Cytonorm que FlowJo propose qui est probablement intéressant et je suis sûr qu'il existe également d'autres possibilités mais ma question concerne plus la stratégie à adopter au niveau de l'enregistrement des données FACS afin de pouvoir effectuer une vraie normalisation qui ne va pas masquer la diversité biologique qui serait réelle.

Faut-il absolument utiliser les "applications settings" ? Que se passe-t-il quand un lot d'anticorps (que nous suivons) change ? Dans le cas d'un tandem, l'efficacité de FRET pouvant être différente, cela devient un "nouveau" fluorochrome à chaque n° de lot. L'application setting ne serait alors plus valable d'où la question de son utilité réelle ?
Nous faisons de manière systématique les compensations pour chaque expérience et nous avons des cellules (aliquot de PBMCs congelés) que nous utilisons à chaque fois et qui nous servent de contrôle qualité du marquage.
Est-ce qu'il faut ajouter par exemple l'acquisition de rainbow beads pour aider à la normalisation des données lors de l'analyse bio-info ?

merci d'avance pour vos réponses !
Nicolas

Nicolas Dauguet, PhD
flow cytometry & cell sorting facility (CYTF)
de Duve Institute, GECE unit 
Avenue Hippocrate 74, 1200 Bruxelles

email: nicolas.dauguet@uclouvain.be
Ph: +32(0)2.764.75.79 (office)
Ph: +32(0)2.764.75.89 (cell-sorting room)
Ph: +32(0)2.764.75.48 (FlowJo analysis workstation room)
web : http://www.deduveinstitute.be/flow-cytom...ll-sorting

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  Graph-Based Clustering

Posté par : Quentin
2020-07-01, 01:48 PM
Forum : Analyse de données
- Pas de réponse

Bonjour,

Je propose une discussion / listing autour des différents algorithmes de clustering basé sur les graphes. J'invite toute personne a compléter / corriger le contenue de ce poste.

Le plus connu dans notre domaine est sans doute Phenograph (et son implémentation en R: Rphenograph) mais depuis peu il existe des variantes se basant sur les mêmes 3 étapes de cet algorithme pour optimiser le temps de calcul et la qualité des résultats.

Les trois étapes de ces algorithmes sont les mêmes dans le principe  :

  • Recherche des proches voisins par une métrique de distance
  • Regroupement des nœuds du graphe en "communauté" (en cluster donc au final)
A l'heure actuelle j'ai noté 5 variantes de cette approche dont deux sans publications mais avec des liens github.
  1. Phenograph  (utilisé dans cytofkit : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26095251/ )
  2. PARC (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/765628v1)
  3. FastPG (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/...749v1.full)
  4. Rphenoannoy (https://github.com/stuchly/Rphenoannoy)
  5. i-cyto/RPhenograph (https://github.com/i-cyto/Rphenograph)

PS : j'éditerai ce poste pour ajouter des informations sur chaques algorithmes

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  t-SNE

Posté par : Fatima Lfaqihi
2020-06-19, 04:50 PM
Forum : Analyse de données
- Réponses (1)

Bonjour,
J’ai lu le papier “The art of using t-SNE for single-cell transcriptomics” (Nature Com, Kobak et al en 2019).
Au vue du titre je m’attendais à des “guidelines” pour faire un t-SNE mais il présente une méthodologie (que je trouve assez complexe pour obtenir le résultat final…)
Je voulais discuter du paramètre perplexité. Dans leur papier il est conseillé d’utiliser une perplexité = au nombre de cellules à analyser /100 ( quand on est inférieur à 100000 cellules à analyser) pour préserver la géométrie global de l’échantillon. Ne risque-on pas avec cette méthode de passer à côté de populations faiblement représentées dans l’échantillon ?
Que pensez-vous de la méthodologie pour analyser des échantillons > 100000 cellules?
Merci d’avance pour votre retour


Fatima pour Anne-Laure Smile

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